1015 yılından itibaren Selçuklu Türkleri, Bizans İmparatorluğu egemenliğindeki Anadolu'da görülmeye başlamıştır. 1048 tarihli Pasinler Muharebesi ile Türklerin Anadolu'ya yaptığı akınlar hız kazanmıştır. 1071 tarihli Malazgirt Meydan Muharebesi'den sonra da Türkler Anadolu'ya yerleşmeye başlamışlardır.

Kutalmışoğlu Süleyman Şah, İzmit çevresi ve Marmara sahillerinde Malazgirt Meydan Muharebesi'nden dört yıl sonra 1075 yılında İznik merkezli Anadolu Selçuklu Devleti'ni kurmuştur. 1076 yılında da Misya'nın şehirlerinden Sizik ve Edincik'i ülkesine ilhak etmiştir. 1081 yılında Türkler nehir yolu ile Apollonia (Gölyazı)'ya gelen bir Bizans birliğini yok etmişlerdir. Fakat başka bir Bizans birliği Sizik ve Poimanenon (Manyas)'ı Türklerden geri almıştır. 1085 yılında Süleyman Şah doğudayken, ona bağlı emirlerinden biri olan İlhan Bey, kısa bir süre önce ellerinden çıkmış olan Sizik, Apollonia, Poimanenon ve Edincik'i geri almıştır.

1086 yılında Süleyman Şah'ın Halep'i kuşatması üzerine kardeşi Melikşah tarafından görevlendirilen Tutuş, Ayn Seylam mevkiinde Süleyman Şah'ı yenmiş, bunun üzerine Süleyman Şah, 5 Haziran 1086 tarihinde intihar etmiştir. Ardından vezir Ebu'l-Kasım devletin başına geçmiştir. Sizik'i üst edinerek Marmara sahillerinin hakimi olmuştur. 1090 yılında I. Aleksios Komnenos'un Eufuryanis Alexaders'ı göndermesiyle bölgede savaşlar olmuştur. Ebu'l-Kasım, Gemlik'i alarak burada gemiler yaptırmaya başlasa da burası Bizans'ın eline geçmiştir.

Ebu'l-Kasım'dan sonra Anadolu Selçuklu Sultanı olan I. Kılıç Arslan, Marmara kıyılarını ve Edremit Körfezi'ne kadar olan kısmı ülkesine ilhak etmiştir. Kılıç Arslan'ın kayınpederi İzmir Beyi Çaka Bey ise Edremit'den Abydos'a kadar olan kıyılar ile Sakız ve Midilli Adası'nı ele geçirmiştir. Fakat verilen bir ziyafette Kılıç Arslan tarafından öldürülmüştür. Kılıç Arslan, bölgeyi 1099 yılında gelen Haçlılar'a karşı savunmuştur. 1107 yılında Kılıç Arslan ölünce Türkler Batı Anadolu'dan çekilmek zorunda kalmştır. Misya'yı yeniden ele geçiren Bizanslılar, Marmara sahillerinde bulunan bütün Türkmenlere savaş açmışlardır. 1115 yılına kadar bölgede Türk-Bizans çekişmesi yaşanmıştır. 1175 yılında Eskişehir ovasında toplanan 100.000 çadır Türkmen'in bir kısmı bu bölgeye gelmiştir. 1206 yılında Türkmenler Misya kentlerine akın etmeye başlamış ve Bizans ahalisi bölgeyi terk ederek Türkmenler bölgeye yerleşmiştir. 1237 yılında II. Gıyaseddin Keyhüsrev, Misya'daki uç beylerini teftiş etmiştir. 1280'li yıllarda, daha sonra Karesi Beyliği'ni kuracak olan ve soyu Danişmend Gazi'den gelen Karesi Bey, babası Kalemşah ve büyük bir Türkmen grubu Misya'ya gelmiştir. Bunların yayınında Germiyanoğlu Yakup Bey de vardır.